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各種藥物或多或少都有副作用，抗生素也是一樣。不同的抗生素有不同 的副作用，常見的有藥物過敏引起的藥物疹、胃腸不適、肝臟功能異常、 腎臟功能異常等，不必要的使用抗生素就會面對產生不必要的副作用的危 機。不但不能治療疾病，反而產生其他問題。

　　任意不適當的使用抗生素會有什麼不良影響呢？濫用抗生素會導致的危機有下列各點：

抗藥菌種的產生

　　根據過去的一些報告及各大醫院的統計分析顯示，香港很多臨床致病菌的抗藥性比例相當的高，如金黃色葡萄球菌、肺炎雙球菌、淋病雙球菌、流行性感冒嗜血桿菌等。這些抗藥性情形相較歐美的報告，顯然高出很多。據研究指出，這和香港的抗生素濫用有相當大的關係。

得到另類的感染 (Superinfection)

　　我們身體本來體內就存在有許多細菌，如腸胃道的大腸桿菌、口腔的 鏈球菌等，這些細菌不但對我們身體無害且有益，可幫助體內的消化吸收， 並可幫助我們對抗致病細菌的入侵。但若使用抗生素不當，把這些有益的 體內常駐菌殺光，這時候具抗藥性的有害致病菌就有可能趁虛而入。因而 得到另一波的感染，且是較具抗藥性的細菌感染。

使診斷更加困難

　　臨床正確的使用抗生素，常要依賴檢體的細菌培養結果，未做適當的培養之前就貿然使用抗生素，常會影響細菌的培養，使臨床的診斷更加困難。
　　若在抗生素使用後，病情未能獲得好轉且診斷不明，若未能事先取檢體做 培養，此時就喪失了一個診斷的好工具了。